“十三五”能源规划要解决的第二大问题是实现稀缺资源的优化配置，即能源资源的优化配置。能源资源是一种稀缺资源，怎么来优化配置，这个也需要通过“十三五”规划来解决。能源的优化配置具体怎么落地，也就是怎样才能够实现优化配置，即把能源应用到边际效益最好的地方，让其真正发挥作用，需要从消费侧和供应侧来优化配置能源资源。
例如从消费侧看，一度电是用于高耗能产业，还是用于其他产业，这就有个选择的问题。现在高耗能产业总体上大都是相对过剩的，属于限制发展型产业，我们不能把能源配置到这些产业。因为我国是能源资源短缺的国家，能源资源应配置到能够发挥其更大效益的地方去，配置到能够发挥它更多的附加值的地方，配置到鼓励发展的那些方向上去。例如，配置到第三产业、战略型新兴产业，配置到促进满足人民群众的生活生产需求上去。这就需要通过规划来实现，具体讲就是主要通过规划中的价格、财税等政策来调控实现。
在供应侧实现能源资源的优化配置，其中还有产业的优化配置问题和区域的优化配置问题，就是怎样发挥其最大效益。例如区域配置方面，西部地区怎样发挥其能源优势，把能源优势转变成产业优势，进而转变成经济优势，从而带动西部大开发，这也是一个需要优化配置的问题。
另一个就是东部地区的能源资源怎样来配置。我们提出要通过两种资源、两个市场，那么到底是依靠国外进口来满足东部地区的需求，还是把西部地区资源通过西电东送、北煤南运来满足东部地区的需求?哪种经济效益更好，哪种更有利于国家长远发展战略目标的实现，这也是需要通过规划来实现的。比如说进口煤，说我们不进口了，那倒未必。
因此，资源的优化配置是“十三五”规划需要重点考虑的第二个问题。当然，实现资源的优化配置，前提是发挥市场配置资源的决定性作用。
“十三五”能源规划要解决的第三大问题是实现“九个统筹”，即“供应和需求、国内与国际、空间布局、时间、能源品种之间、生产环节或生产链、开发时序、能源与经济环境、中央和地方的统筹”。过去的能源规划在统筹方面是不够的，这是“十三五”能源规划着力要解决的一个问题。为了加强能源规划工作，国家能源局首先加强了对规划工作的组织领导。国家能源局正式成立了能源规划领导小组，吴新雄局长任组长，刘琦副局长任常务副组长，能源局其他党组成员任副组长，各司司长为规划领导小组成员，这从组织体制上加强了对能源规划的统一领导，也是为了统筹。
“十三五”能源规划要实现九个统筹
国家能源规划是综合统筹的规划，包含能源领域所有方面，在此基础上再出台几个专项规划，国家能源局的局长办公会已经审议通过，最终报国家发改委来审定。“十三五”能源规划的基本思路是煤炭、电力、石油、天然气和新能源这五个规划都是要统筹的，特别是电力规划。电力规划不能再像以往一样，分别制订出核电规划、水电规划、风电规划、太阳能规划、生物质能规划、火电规划以及电网规划，电网规划还分成南网和北网。
