然而，电网公司控股下的电力交易中心，其独立性也受到一定程度质疑。“搭建交易平台的人与参与平台交易的人，如果在有效监管下，既使身份重合，也不会产生太大问题。然而现在改革与规制政策充满不确定性，专业性监管远不到位，电网公司可以参与售电，交易中心又由其控股，其他交易主体和地方政府难免会有顾虑。实际上，交易平台应该具有竞争中性，但在监管发挥不了有效作用时，相关利益主体必然希望能够在交易中心的所有制和治理结构上想办法。”冯永晟坦言。
担心虽不无道理，但此前已投入运转的区域交易中心或许能消除上述疑虑。2015年7月成立的贵州电力交易中心尽管挂靠在贵州电网之下，却是一个相对独立的机构，其运作受贵州经信委、发改委、能源局、能监办等相关部门组成的贵州电力市场化领导小组监管。数据显示，截至2015年10月31日，贵州全省电力直接交易电量累计完成142.42亿千瓦时，已完成市场化交易电量均价比用户目录电价每千瓦时降低了0.0548元。
正因为如此，两大交易中心的组建方案中强调，交易中心的交易业务与电网企业其他业务分开，接受政府有关部门的监管。
冯永晟认为，事情的复杂性在于，在省域范围内的电力交易过程中，地方政府能够发挥决策和主导作用。“省级政府要拉动自身经济，在电力交易环节的驱动力很足。国家级交易中心的功能是跨区跨省的电力交换，其所涉利益更多更复杂，需要更专业的监管机构，而目前，专业监管能力是非常欠缺的。”
但不管怎么说，可以肯定的是，交易中心的成立仍将对电价市场化起到积极作用。上海申银万国证券研究所分析师韩启明指出：“通过建立市场化交易机制和价格形成机制，能够使价格信号从时间、空间上反映实际成本和供需状况，有效引导供需。”事实上，允许市场主体自主协商或通过交易平台集中竞价等多种方式开展能源商品及灵活性资源等能源衍生品服务交易，能够在很大程度上激发市场活力。
而在郭焦锋看来，建立相对独立的交易中心和调度中心，更在于理顺市场机制，为能源互联网布局中的“现代能源市场体系”打下基础。“现在家庭用电是随心所欲的，无论电价高低，但未来电力市场机制搭建完全后，电价可能会存在区域性及季节性的高低变化，而通过对需求侧进行管理，可以实现低电价时储能，高电价时使用储存的电能，从而达到科学有效地合理用能。此外，家庭发电还可以上网售卖，形成从消费者到生产者的角色切换。企业层面的自备电厂亦然。”
