在供应侧实现能源资源的优化配置，其中还有产业的优化配置问题和区域的优化配置问题，就是怎样发挥其最大效益。例如区域配置方面，西部地区怎样发挥其能源优势，把能源优势转变成产业优势，进而转变成经济优势，从而带动西部大开发，这也是一个需要优化配置的问题。
另一个就是东部地区的能源资源怎样来配置。我们提出要通过两种资源、两个市场，那么到底是依靠国外进口来满足东部地区的需求，还是把西部地区资源通过西电东送、北煤南运来满足东部地区的需求?哪种经济效益更好，哪种更有利于国家长远发展战略目标的实现，这也是需要通过规划来实现的。比如说进口煤，说我们不进口了，那倒未必。因此，资源的优化配置是“十三五”规划需要重点考虑的第二个问题。当然，实现资源的优化配置，前提是发挥市场配置资源的决定性作用。
“十三五”能源规划要解决的第三大问题是实现“九个统筹”，即“供应和需求、国内与国际、空间布局、时间、能源品种之间、生产环节或生产链、开发时序、能源与经济环境、中央和地方的统筹”。过去的能源规划在统筹方面是不够的，这是“十三五”能源规划着力要解决的一个问题。为了加强能源规划工作，国家能源局首先加强了对规划工作的组织领导。国家能源局正式成立了能源规划领导小组，吴新雄局长任组长，刘琦副局长任常务副组长，能源局其他党组成员任副组长，各司司长为规划领导小组成员，这从组织体制上加强了对能源规划的统一领导，也是为了统筹。
与以往规划编制不同的是，国家能源局正在建设能源规划仿真模拟数据库，对各种经济环境的情况进行仿真模拟，以保证规划水平。通过仿真模拟清楚掌握“十三五”期间国内能源需求、资源分布、水资源量、环境容量等核心要素。规划编制完成以后，每年还要进行滚动修编，对规划进行评估。
