此前，电改方案主要由国家电力公司自己设计并执行。然而，就是因为进行的是公司以自我为主体的改革，引发了诸多问题。
这期间，有两件电改的标志性事件不可回避，并引发争议。其一，即1998年年底，国务院办公厅转发了《国家经贸委关于深化电力工业体制改革有关问题的意见》，随后经贸委在黑龙江、吉林、辽宁、上海、山东和浙江等地展开以省为实体的厂网分开。这在后来，被认为虽打破大区电网结构，却形成了以省为壁垒的电力资源垄断。
引发大争议的标志性事件却是二滩水电站建成即亏损，该问题被视为电改的转折点。
1998年，二滩水电站首台机组投产，年发电量高达170亿千瓦时，按照设计，水电站主要为四川省提供电力需求，但是建成时，电力供需发生了急剧变化，先是重庆市作为直辖市单列，本来大部分本应送向重庆的电量，对方却只接纳了30%左右，而且受1997年东南亚金融危机的影响，四川电力整体需求出现了供大于求。
数据显示，二滩电站1998年到2000年三年间的弃损电量高达183亿千瓦时，水库蓄水无奈白白放掉。
此事随后引起了时任国务院总理的朱镕基和副总理曾培炎的关注和介入，前者开会要求重新审视电改的进程。
其实此间，对于电改业界也开始出现不同的声音，最具代表性的为时任国家计委基础产业司处长的王骏发表的《令人沮丧的电业改革》，认为以“省为实体”的发展方针，将导致各省以邻为壑，关闭电力市场，而且导致发电装备技术水平在结构上发生恶化。
由此多方合力作用下，电改主导权开始从国家电力公司转向国家计委。2000年11月，国务院下发69号文，宣布暂停以省为实体的电改工作。同时成立以国务院副总理吴邦国为核心的电改领导小组，时任国家计委主任的曾培炎任组长，张国宝、王骏等也被吸纳进来。
原国电公司的电改方向主要为以“全国一张网”为前提进行电力的市场化改革。然而，新成立的电改领导班子，则主张拆分电网，破除垄断。
此后，双方围绕拆分还是不拆，进行了激烈的争论，并提出了多种方案，总结来看，主要是国电电力(2.59,0.01,0.39%)公司提出的“1＋6”方案和国家计委电改小组提出“0＋4”方案。
前者主张保持国电公司主体不动，在其下分设华北、东北、西北、华东、华中和南方6个区域电网公司，然后实行厂网分开，竞价上网。而后者则主张取消国电公司，组建东北、北方、长江和南方四大电网公司，国电直属电厂与电网公司脱离隶属关系，实行厂网分开，此后再将全部发电厂(站)组建成几个电源公司，实行竞价上网。
前者被业界认为是按发输配售四大环节“大卸八块”的纵向分拆，后者则在当时被称为纵横并用的“破碎式改革”。
随后，上述方案被国家计委“中和”，2001年5月，国家计委上报了“1＋6”的改革方案，即为5号文的雏形。方案主要内容是在拆分国家电力公司的基础上，以国电公司的资产为班底成立国家电网公司，并作为华北、东北、西北、华中、华东和南方6个区域电网公司的出资人代表，在时机成熟时，将西北与华北，华中与华东公司合并，最终形成四大区域电网公司。
应该说，该方案“吸收”了双方的意见，但由此，也产生诸多模糊地带，比如国网公司与区域电网公司的关系，是总公司与分公司的关系，还是并行的计划单列，方案没有给出。
当该方案为此后的电改方案明晰了一点，即国家电网的职责为跨区线路的管理和调度，区域电网主要经营所辖地区的电网。
然而方案拿出来讨论后，旋即遭到各方的质疑，并被指摘反垄断的力度不够。其实，此间方案出台前，美国加州爆发了电力危机，此次危机让方案制定者多出一条顾虑，即在破除垄断的同时，仍需兼顾电力安全。
此后，双方再次围绕方案进行博弈，方案此后多次被“中和”，最终确定了将南方电网独立出来先行试点的方案，同时明确了国家电网与区域电网的关系，即区域电网独立运作，与国网仅保持股权上的关系。
这就是最终成形的“电力体制改革方案”，即5号文，于2002年2月正式发布。
