除了上面所说的“大同”，细致对比两个方案，还存在着一些“小异”。这些不同点主要体现在以下几个方面：
一是组织形式不同。北京电力交易中心依托国家电网公司，以国家电网公司的全资子公司形式组建;广州电力交易中心则依托南方电网公司按照股份制公司模式组建，由南方电网公司控股，其他相关企业和第三方机构参股。两个方案中交易中心的组织方式分别为电网企业子公司模式和控股模式，这两种模式都包含在《关于电力交易机构组建和规范运行的实施意见》所明确的三种组织形式内。我国幅员辽阔，资源禀赋差别较大，区域电力市场情况各不相同，尝试不同的电力交易机构组织形式，正是对多种可行模式的探讨，也为下一步构建更加多样化交易机制奠定基础。
二是方案内容上各有侧重。《北京电力交易中心组建方案》中多处展现了“保证机构相对独立性、增加运营透明度”的宗旨，并单独设置了“交易机构公开公平公正运营”的内容;《广州电力交易中心组建方案》则对机构责权、交易流程、业务界面交代的更为细致，在交易中心机构设置中增加了以市场模式创新和模拟研究为核心业务的研究中心。
两个方案在上述内容方面的差异，主要还是因为所处区域市场特点以及交易中心组织形式的不同。北京电力交易中心以电网企业子公司模式组建，政府相关部门和社会各界对其监管必然加强，对机构相对独立性的要求和监督机制必然重视。而广州交易中心采用“一家控股，多方参与”的模式组建，为便于后续工作开展和组织管理，方案需要对业务和责权描述的更加细致，同时交易中心业务覆盖区域特征鲜明，局部地区市场化氛围较好，更有利于进行创新模式的研究和探索。
总的看，《北京电力交易中心组建方案》和《广州电力交易中心组建方案》符合中发9号文及电力体制改革相关配套文件要求，符合社会各界对改革进程和改革思路的预期，符合我国电力市场化改革和电力市场建设的需要。两大交易中心的建立，有效推进了我国电力体制改革进程，对加快我国电力市场体系建设、促进区域间能源资源优化配置、推动能源供给革命和能源消费革命将起到关键性作用。
