其次，产能过剩未能缓解，部分企业盲目扩张。近年来，我国新能源产业发展迅速，投资高企，中国在新能源项目方面的投资已经达到世界第一。最明显的例子出现在光伏产业。在政府的强力支持与推动下，银行对光伏项目大开绿灯，据彭博社2012年统计的数据显示，中国一直通过地方政府或者国家担保机构提供的贷款来支持太阳能企业的发展，尚德电力、赛维LDK、天合光能、英利绿色能源控股、韩华第一太阳能和晶科能源控股等12家行业公司，共计获得了超过432亿美元的中国国家开发银行贷款承诺。由于产能大跃进和欧美“双反”，供需严重失衡，自2011年起光伏行业遭遇近10年来最严重的困境，各太阳能光伏应用国家大幅下调政策补贴力度，导致市场出现了严重的供过于求，企业间竞争加剧，价格暴跌，全行业呈现亏损局面。2013年3月18日，曾向无锡尚德大开绿灯的债权银行联合递交了破产重整申请，截至2月底，包括中国工商银行、中国农业银行、中国银行等在内的9家债权银行对无锡尚德的本外币授信余额，折合人民币已达到71亿元。无锡尚德的负债总额已达到23亿美元，尚德电力的市值已从上市之初的49多亿美元跌到约1.5亿美元，市值缩水一度高达99%。
再次，企业效益下降，成本居高不下。近几年，能源行业效益有所下降，有时候下降幅度还较大。例如，2011年5月，炼油业当月净亏损30.90亿元，是2009年以来首次出现亏损;8月份首现年内累计亏损，前11月炼油业累计亏损117.28亿元。炼油效益恶化，最根本的因素是市场价格机制的问题。成本上升使市场价格倒挂。2012年1～11月，全行业利润总额7111.2亿元，同比下降3.3%，而全国规模工业利润则是增长3.0%。其中，化学工业利润总额同比降幅10%;炼油业亏损114.7亿元，已连续16个月累计亏损。2013年，石油和化工行业利润和收入均实现了增长，而上年利润则为负增长。同时，企业亏损状况也有显著好转，盈利能力稳中回升，行业整体效益明显改善。
与此同时，行业销售成本居高不下，管理费用、财务费用大幅增长。2012年1～11月，石油和化工行业销售成本9.08万亿元，同比增长12.0%，高于营业收入增幅1.6个百分点，每100元主营收入成本为83.03元，同比提高1.18元;全行业财务费用1224.1亿元，同比增长32.9%;管理费用同比增长9.2%;资金周转率2.37，同比下降0.1个百分点。这一问题在化工行业表现尤为突出。尽管化工行业自身进步明显，但与其它行业相比，成本管理差距较大。统计数据显示，2013年，化工行业100元主营收入成本87.0元，同比增加0.41元，高出全国规模工业100元主营收入成本1.73元，差距很大。盈利能力也明显低于全国规模工业平均水平。2013年，化工行业主营收入利润率为5.32%，全国规模工业为6.11%，低了0.79个百分点。
最后，企业研发投入不足，创新能力较弱。从创新的要素、过程与机制考察，我国能源企业存在的主要问题有两点：
一是企业研发投入不足，研发密度是衡量产业、企业竞争力最重要的因素之一。我国能源企业的研发投入一直不足。如上所述，本刊调查样本企业的平均研发密度为0.76%，低于国际上能源企业的平均水平。国内三家石油企业的研发密度分别是：中国石油1.01%、中国海油0.47%、中国石化0.30%。虽然巨大的规模可以一定程度上解释研发密度的下降，但中国石油以外，中国石化与中国海油的研发密度均低于国际石油巨头的水平。由此可见，我国能源企业与世界同行业先进水平差距较大。再以国内企业比较，从近三年企业研发投入占主营业务收入的平均比例来看，军工、信息技术类企业研发投入居首，制造、钢铁有色类企业次之，能源类企业为末。具体排名靠前的企业依次是：航天科技(15.10%)、华为技术(9.84%)、船舶重工(5.96%)。中国石油(1.01%)、神华集团(0.68%)、中国海油(0.48%)在能源企业排名靠前。
