振实密度低
对于锂离子电池来说，振实密度的大小能够决定在相同容量下电池的体积大小，而较低的振实密度是目前磷酸铁锂电池需要亟待解决的一个缺点。相比钴酸锂和锰酸锂来说，相同容量的磷酸铁锂电池体积则要更大，这也就是为什么磷酸铁锂电池没有在手机电池等领域兴起的一个原因。不过对于移动电源领域来说，相同6000mAh的不同电池在尺寸上的差距并不明显，属于用户可接受范围之内。
一致性问题
电动汽车内的电池组
虽然磷酸铁锂电池相比钴酸锂和锰酸锂电池来说，在寿命上有着绝对的领先优势。不过在电池组模式下时，其寿命会大幅降低。因为电池组是由大量单体电池通过串并的方式连接到一起的，如果整个电池组中有一个电池出现故障，那么更换则非常麻烦，这也就是为什么目前电动汽车内电池组标称的循环寿命同样为500次的原因。
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