跨省跨区电力批发交易市场的核心是以目前各省电力公司为购售电主体，将现在通过计划交易的电量逐步统一用市场机制交易的电量所取代，在全国范围内统一配置电力资源，实现资源配置效益最大化。为什么要在全国范围内统一配置电力资源，因为只有这样才能取得巨大的资源配置效益，促进国家经济增长方式转型。传统的跨省跨区电力交易计划如三峡电力分配方案都是当时特定的环境下制定的，现在时过境迁，已经不符合资源最优配置的要求。过去华中地区缺电时期，一方面华中要把大量水电送到华东和广东，另一方面，华中各省又必须从西部省份大量购入煤炭。有专家提出，与其把煤炭送到华中各省，不如让华中水电留在区域内，利用水路把煤炭直接送到华东等地更经济，这是比当时电力电量平衡结果更好的方案。当然，传统的利益格局仍然需要维持，跨省跨区电力批发交易市场完全可以在实现最优的实物交易的同时，通过其他手段如金融交易维持目前的利益格局。
为了保证跨省跨区电力批发市场的顺利运行，需要制定相应的配套政策，以解决可能出现的沉没成本和进行批发市场风险管理等。首先，解决批发市场沉没成本可建立用电权交易市场，将上海等地分配的低价三峡电量按上网电价价差界定为相应各省的权益或者配额，通过配额市场交易维持现行利益格局。其次，为促进跨省跨区电力输送通道建设，可以建立金融输电权市场，将目前特高压输电线路建设像道路桥梁建设项目一样，以输电权的方式交由包括社会资本在内的投资者经营。跨省跨区电力批发市场与输电经营权市场的配合运行能够以市场的方式解决输煤和输电的问题。另外，为保证和促进清洁能源交易，在机制上解决“弃水”、“弃风”和“弃光”问题，需要在目前可再生能源价格补贴和费用分摊政策的基础上，建立再生能源配额交易市场，以市场交易方式而不是固定价格补贴促进可再生能源的开发和利用。
